本发明公开基于磁链的开关磁阻电机转矩脉动抑制控制系统和方法，利用神经网络转矩估计模型对转矩进行估计，并利用动态RBF神经网络转矩‑磁链模型实现相参考转矩到磁链的转换，基于估计的转矩信息对磁链进行实时前馈补偿，以获得准确磁链信息，实现了SRM的磁链控制，抑制转矩脉动，方法运算量小；所构造的神经网络转矩估计模型具有能够体现SRM转矩变化规律的激励函数，且对神经网络的输入进行预处理，以实现对瞬时转矩的估计；本系统可构成嵌入式系统，通过神经网络转矩估计模型实现瞬时转矩估计、通过动态RBF神经网络转矩‑磁链模型实现相参考转矩到磁链的转换及磁链前馈补偿，实现了SRM的磁链控制，抑制转矩脉动，方便开关磁阻电机的在线控制。