本发明公开了一种物理隔离的无人舰船双模控制系统，包括控制电路以及与控制电路连通的遥控模块、电脑控制模块，控制电路包括电源以及与电源连接的切换部、调速部、换挡部；切换部包括串联连接的继电器K8、继电器KA20、继电器KA1，调速部包括与电机控制器的调速端口连通的端子B02、DA1+以及与地线端口连通的端子B01、DA1‑，端子B02、DA1+、B01、DA1‑均通过电磁开关KA1与电机控制器连通，本发明通过将电脑控制与遥控控制所需的硬件抽象分离形成两路控制回路，提高了无人船艇控制系统的容错性，电脑和遥控器之间的控制权限无任何关联，在任何一个控制模式失控时，不影响另外一种控制模式，实现了电脑和遥控控制两种模式的完全物理隔离。