本发明提供一种新能源汽车电源系统及分配方法，涉及新能源技术领域。本系统包括三相PWM双向整流单元、第一双有源桥DC/DC变换单元、第二双有源桥DC/DC变换单元、第三双有源桥DC/DC变换单元、BOOST升压变换单元、新能源输入接口、超级电容、电动汽车发电机、220V交流电压、12V直流电压输出插排；车载能源路由器的电源分配中能源分配系统策略可以实时的根据超级经过多目标算法分配后的盈余和缺口通过多反馈回路来调节电容和锂电池的SOC让两者尽可能保持大致相等来延长续航能力和车载锂电池的使用寿命，根据两个电源的SOC可以控制屏蔽新能源的一部分输入来对电源进行过充保护。