本发明公开了一种新能源车辆故障安全保护方法和系统。其中，新能源车辆助力转向的能量源为动力电池，所述方法包括：当整车控制器检测到车辆故障时，控制车辆的动力电池回路断开；当电机控制器检测到车辆的动力电池回路断开时，控制驱动电机继续工作在制动发电状态，将动能转化为电能，为整车的助力转向系统提供能量。本发明实施例的技术方案，能够在动力电池回路断开后继续为整车的助力转向系统提供能量，有效防止了车辆的失控风险，且本发明只需要更新整车控制器和电机控制器的对应的软件控制算法，无需新增加设备，市场保有车辆或者新车均可实施改制，成本低，具有反应快、可靠性高的特点。