本发明公开了一种筛选肿瘤抗原特异性TCR序列的方法，包括步骤：1)处理肿瘤组织，获取细胞悬液；2)单细胞转录组测序；3)测序所得数据转换成细胞‑基因的表达矩阵；4)标准化整合表达矩阵的数据并进行细胞分群，筛选同时高表达肿瘤标签基因与T细胞标签基因的目标细胞；5)获取步骤4)所得目标细胞的TCR基因序列。单细胞转录组测序技术过程中会出现两个或以上细胞进入一个反应体系的情况，这时测序结果会显示只有一个细胞，而实质是两个或多个细胞，这种情况被称作双/多胞体。当肿瘤细胞与T细胞特异性结合时，也会产生双/多胞体。利用该现象可筛选出同时表达了肿瘤标签基因与T细胞标签基因的目标细胞，进而提取TCR序列。