本发明公开了一种基于双层定向长钻孔的智能瓦斯抽采系统及方法，包括：煤矿信息采集模块，用于获得煤矿井下煤层垂直方向上裂隙的空间定位和采掘工程平面图；定向钻孔设计模块，用于基于煤层中裂隙的空间定位和采掘工程平面图，布置定向钻孔的轨迹、钻孔层、开孔点和测量位置；定向钻孔模块，用于定向钻孔并记录钻孔数据，分析钻孔效果，包括用于钻孔的钻孔工具和监测钻孔数据的监测工具。本发明采用长钻孔的技术，单孔成孔距离长，有效抽采距离长、占比高，钻孔轨迹可控，采用随钻测量技术和孔底螺旋钻具实现人工受控定向将钻孔布置在关键层中，在钻遇到不稳定岩层后可绕开施工，成孔后的瓦斯抽采通道受破坏程度降低，抽采效果稳定。