本发明揭示了一种隧道自动掘进目标协同控制系统及方法，所述目标协同控制系统包括分项目标协同优化子模型、若干关系子模型、若干控制子系统及掘进性能评价子模型；若干关系子模型包括推进控制参数与前方沉降关系模型、注浆控制参数与后方沉降关系模型推进区域油压与盾构姿态关系模型管片拼装点位与管片超前量关系模型；若干控制子系统包括推力控制子系统、注浆控制子系统、姿态控制子系统和点位选择子系统；掘进性能评价子模型用以评价目前盾构掘进的性能。本发明揭示的隧道自动掘进目标协同控制系统及方法，可从综合性能最优的角度对各个控制子系统的控制量进行协调和优化，保障隧道施工质量和效率。