本发明涉及了一种细胞运动过程中的形变跟踪方法，所述方法包括如下步骤：将流式细胞形变测试仪拍摄得到的每一帧的医学图像依次输入训练后的UNet网络模型进行细胞分割，获得每一帧的医学图像对应的包含初步分割结果的第一二值图；滤除每个第一二值图中的初步分割结果中的非正常细胞，获得包含最终分割结果的第二二值图；基于卡尔曼滤波的目标跟踪算法对每一帧的医学图像对应的第二二值图中的最终分割结果进行形变跟踪。本发明采用基于UNet的分割算法得到细胞轮廓，同时结合了基于卡尔曼滤波的目标跟踪算法，实现了流式细胞形变测试仪拍摄得到的医学图像的细胞分割与跟踪，能够完整的提取出细胞运动过程中的物理特性的变化趋势。