本发明公开了箱式电动船舶电池充电控制系统，包括管控系统和充电系统，充电系统用于为船舶燃料电池充电并采集充电信息上传至管控系统，管控系统接收、处理并存储充电信息。充电系统包括控制一体柜、变压器、分控柜和电池箱，控制一体柜与管控系统通信连接，变压器与控制一体柜通信连接，分控柜设置有至少一个且与供船舶燃料电池插入的电池箱对应设置，分控柜内设置有控制电池箱内供电端口通断的充电开关，当充电开关闭合时，船舶燃料电池进入充电状态，在充电过程中，分控柜采集对应电池箱的充电信息。还公开了基于此系统的充电方法，实现了管控系统和充电系统的弱耦合，提高了电动船舶充电的监管效率。