本发明公开了一种基于预应力修正的复杂管路结构疲劳损伤评估方法和系统，该方法包括：对复杂管路结构的动强度危险点进行识别；确定动强度危险点的应力谱密度曲线G(f)；解算得到随机响应信号的峰值穿越率E(p)和应力幅值S的概率密度函数p(S)；考虑材料性质和振动环境，对复杂管路结构的预应力进行修正；计算得到修正后的复杂管路结构的随机振动疲劳损伤；根据得到的修正后的复杂管路结构的随机振动疲劳损伤，判断动强度危险点是否发生随机振动疲劳破坏。本发明可根据随机振动应力幅值和材料屈服强度对结构预应力进行合理等效，从而充分考虑到其对振动疲劳寿命的影响，并对结构预应力进行合理修正，给出结构危险点是否发生振动疲劳破坏的量化判据。