公开了一种燃料电池系统，包括燃料电池；将氧化剂气体供应至燃料电池的空气压缩机；设置有空气压缩机的上游供应管；连接至上游供应管和燃料电池的下游供应管；连接至燃料电池的上游排放管，氧化剂气体从燃料电池排放至上游排放管；连接至上游排放管的下游排放管；旁通管，该旁通管的一端连接至第一连接部，在第一连接部处上游供应管连接至下游供应管，该旁通管的另一端连接至第二连接部，在第二连接部处上游排放管连接至下游排放管；阀机构，其被配置成可在供应状态与旁通状态之间切换；以及被配置成控制空气压缩机、阀机构以及燃料电池的电力生成状态的控制器。