本发明公开一种基于内嵌式合金储氢技术的船用燃料电池供氢系统，包括：至少两组合金储氢罐组，每组合金储氢罐组至少具有一个合金储氢罐，每个合金储氢罐内部均形成有储气腔和储液腔；燃料电池模块包括相连接且均可对液体加热的燃料电池电堆和膨胀水箱；至少两组氢气管路，每组氢气管路包括均与每组合金储氢罐组的各个储气腔相连通且互相并联设置的加氢管路、第一出氢管路及第二出氢管路；循环液管路包括为循环回路的主液管路、至少两个进液支管及至少两个出液支管。该船用燃料电池供氢系统采用多组合金储氢罐组并联供氢的方式，使得多组合金储氢罐组交替使用可最大程度降低残余氢气量，以提高氢气利用率。