本发明提供一种含有多不饱和脂肪酸油脂的微胶囊及其制备方法与应用。微胶囊按重量百分含量计包括多不饱和脂肪酸油脂40‑50％、乳化剂10‑20％；其中，所述多不饱和脂肪酸油脂与乳化剂的重量比为(2‑4):1，所述乳化剂由重量比为(1‑3):1的酪蛋白酸钠和乳清蛋白组成。本发明提供的微胶囊中多不饱和脂肪酸油脂含量高，同时还具有稳定性高、颗粒大小均匀等优点。当添加到奶粉中时，所提供的奶粉产品中多不饱和脂肪酸的含量能够达到90mg/100g以上，满足奶粉厂家对奶粉中多不饱和脂肪酸油脂的需求量，同时最终奶粉产品的稳定性好、感官性佳，具有优异的产品品质。