本发明涉及一种与雪茄烟Beinhart1000‑1抗黑胫病基因qBS01紧密连锁的共显性SSR标记及其应用，所述的抗黑胫病基因qBS01为源自雪茄烟品种Beinhart1000‑1的数量性状基因位点，且具有黑胫病0、1号生理小种抗性。所述的与雪茄烟Beinhart1000‑1抗黑胫病基因qBS01紧密连锁的共显性SSR标记的编号为TMc14137和TMc14142，其PCR扩增产物核苷酸序列分别为SEQ ID No.1和SEQ ID No.2、SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示。所述的应用为所述的与雪茄烟Beinhart1000‑1抗黑胫病基因qBS01紧密连锁的共显性SSR标记在检测烟草基因组DNA中是否存在抗黑胫病基因qBS01中的应用。本发明所述的共显性SSR标记具有快捷、稳定、精准且低成本的特点，因此该分子标记可以作为烟草黑胫病0、1号生理小种抗病育种中qBS01基因分子标记辅助选择的应用。