本发明公开了一种深孔自动清理装置，包括清理与行进单元、锁紧单元和两位五通气控换向阀，所述清理与行进单元的后端与锁紧单元的前端连接，所述锁紧单元的后端与后挡盖连接，所述两位五通气控换向阀通过连接板与后挡盖连接，用于控制清理与行进单元的动作。本发明采用双作用气缸驱动刷头运动，并通过刷头同时完成行走和清理两大功能，从而大大降低了整个装置在结构上的复杂程度；本发明采用锁紧气缸驱动弧足伸缩实现沿深孔轴线的单向锁定，使本发明能够自动沿深孔轴线进行单向运动，降低了控制的复杂程度；由于本发明完全由气源驱动，且对双作用气缸和锁紧气缸部位加装了不锈钢套筒保护，因此提高了整个装置防水、防污垢侵入的能力。