本发明公开了一种包装袋封面印刷缺陷自动检测方法及系统，首先获取用于触发采集包装袋封面图像的包装袋静止状态信号；其次通过得到的包装袋静止状态信号触发包装袋封面图像采集装置；通过包装袋封面图像采集装置获取包装袋封面图像；然后将包装袋封面图像与标准封面图像进行处理得到包装袋封面印刷区域的对比图像；最后通过得到的对比图像生成包装袋封面印刷质量信号。本方法通过视觉相机检测包装袋生产线上的包装袋封面图像，通过与标准封面图像进行印刷图案的对比，采用灰度值矩阵处理，通过与预设的灰度值差异门限的分析，得到缺陷灰度值差异矩阵，该计算方法速度快、稳定性强，适合实时在线判断包装袋封面缺陷的存在与否。