本发明属于热气球控制技术领域，涉及一种用于无人热气球的飞行高度控制系统。包括:飞控计算机、GNSS接收机、数传电台、主驱动器；所述GNSS接收机设置在无人热气球吊舱内，用于接收热气球当前的经度、纬度、高度和速度数据，并将接收的数据传递至飞控计算机；所述数传电台设置在无人热气球吊舱内，飞控计算机通过数传电台与地面控制站通信；所述主驱动器设置在吊舱内，包括：燃料罐、燃烧器、点火器；所述燃料罐用于存储并为燃烧器供给燃料；所述点火器用于点燃燃烧器，所述燃烧器用于加热热气球内空气；飞控计算机接收地面控制站发送的高度指令并与无人热气球当前高度比较，根据比较结果控制燃烧器燃烧时间，从而控制无人热气球飞行高度。