本发明公开了一种陶瓷封装基座及其制备方法和应用，所述陶瓷封装基座包括层叠设置的至少两层陶瓷基板；所述陶瓷基板表面设有导电层；所述陶瓷基板上设有贯穿陶瓷基板的通孔；所述通孔内填充通孔导体；所述通孔导体与导电层连接，所述通孔导体包括玻璃相和结晶相；所述结晶相包括Mg‑Al‑O尖晶石相、W晶相中的至少一种；所述玻璃相和Mg‑Al‑O尖晶石相的质量比为（2~4.2）：1。本发明中的通孔导体可以避免陶瓷封装基座在烧结、封焊加工等高温加工过程中因为通孔导体与陶瓷基板材料收缩不匹配而出现的通孔导体开裂、脱离通孔侧壁，以及通孔崩瓷等问题。