本发明提供了一种利用动态热力学平衡纯化制备手性多肽型药物的方法，包括以下步骤：S1)将手性多肽型药物粗品用溶剂溶解后，与碱性无机缓冲盐的水溶液混合，放置，得到手性多肽型药物粗品溶液；S2)将所述手性多肽型药物粗品溶液通过反相色谱法纯化，得到手性多肽型药物的精纯溶液。与现有技术相比，本发明利用动态热力学平衡方法对手性多肽型药物粗品溶液进行预处理，使其杂质与药物成分达到特殊的热力学稳定状态，从而形成在常规色谱上即能有限分离的方式，且能够有效控制其他工艺杂质；同时该利用动态热力学平衡方法实现有效分离的方式突破性的实现了常规色谱材料和方法无法达到的分离效果。