本发明涉及一种纳米抗体的纯化方法，包括如下步骤：将纳米抗体收获液依次进行阳离子层析和阴离子层析，收集阴离子层析洗脱液；其中，所述阴离子层析采用的洗脱液的pH为7±0.5，所述洗脱液包含：10±2mM的Na2HPO4、10±2mM的NaH2PO4、0.01M～0.03M的精氨酸以及2mM～8mM的(NH4)2SO4。上述纳米抗体的纯化方法能够有效提高纳滤过程中的纳滤膜可滤过载量，同时还能够有效去除纳米抗体制品中的宿主细胞蛋白(HCP)，并在层析过程中维持纳米抗体的稳定性，减少聚集体的形成。