本发明公开了一种具有高相对结晶度的高硅铝比Y分子筛及其制备方法。该方法包括：将硅源、导向剂、铝源、氟硼酸盐混合成胶，凝胶物料摩尔比为0.5～10Na2O:1Al2O3:5～40SiO2:80～800H2O:0.01～0.5氟硼酸盐；将制得的混合凝胶在90～150℃下静态晶化6～72小时，得到含硼的杂原子Y分子筛；向干燥后的含硼的杂原子Y分子筛中通入被气相同晶取代剂饱和的干燥气体，在140～800℃下，反应0.1～48小时，得到具有高相对结晶度的高硅铝比Y分子筛。本发明提供的高硅铝比Y分子筛的相对结晶度大于90％，硅铝比大于10，制备工艺简单，生产成本低，具有工业应用前景。