本发明提供一种水下航行器无线充电系统的控制方法，在两个基本坐标系之下定义了水下航行器质心的位置向量，对应其质量及六个自由度并考虑洋流影响建立系统惯性矩阵。利用拉格朗日方程推导出系统的动能方程并结合求出水下航行器的系统势能。考虑水下航行器螺旋桨产生的力和由流体产生的阻尼力，运用二次阻尼模型求得系统保守内力和外力，之后利用拉格朗日乘数法推导出含约束矩阵的运动方程。引入了一种基于四元数的视距无线传输制导算法，最终得到水下航行器的期望速度矢量，通过调整航行器的位置，使得水下无线充电系统能够精确动态对接，从而实现了最优充电效率，避免模型不确定性和洋流影响。