本发明公开了一种基于轨距测量的水射流钢轨肥边精磨系统及方法，该系统包括设于两条平行轨道上的走行模块、设于走行模块上的水箱模块、磨料进给模块、增压模块、轨距测量单元、肥边对准模块、水射流精磨模块以及控制定位模块；轨距测量单元与走行模块的控制定位模块相连；通过走行模块实现钢轨肥边水射流打磨的实时可移动；通过轨距测量单元测量轨道几何尺寸，找到钢轨肥边位置后将钢轨肥边数据传输给所述控制定位模块，控制定位模块控制所述肥边对准模块对准钢轨肥边位置并根据所述钢轨肥边数据检测肥边的切削量和控制所述水射流精磨模块上打磨水刀的切削深度，进而实现对道岔转辙部位的尖轨、基本轨、曲线部分钢轨肥边的精磨。