本发明公开了一种燃料电池发动机的活化控制方法、活化控制装置。其中，该控制方法包括：获取整车需求功率、燃料电池发动机的活化需求功率；将活化需求功率与整车需求功率进行比较，获得比较结果；基于比较结果生成控制指令集，控制指令集用于控制燃料电池发动机执行预置活化工况，其中，预置活化工况包括在预设时间段内燃料电池发动机以预设功率进行活化作业。采用该活化控制方法，在不影响驾驶员正常驾驶的情况下，实现燃料电池发动机的自身活化模式操作，解决了燃料电池电堆性能衰减的问题，并通过以维持整车SOC平衡为目标，对活化模式工作条件进行设定，保证了车辆SOC平衡。