本发明公开了一种船舶轨迹聚类方法、系统、装置及存储介质。方法包括：S101获取第一船舶轨迹；S102根据第一船舶轨迹获取第一轨迹点作为当前轨迹点；S103计算当前轨迹点与第二轨迹点的航向角差值；S104确认航向角差值大于航向阈值，保留当前轨迹点至第二船舶轨迹；S105确认第二轨迹点不是第一船舶轨迹上的最后一个轨迹点，将第二轨迹点作为当前轨迹点，并返回S103这一步骤，直到第二轨迹点是第一船舶轨迹上的最后一个轨迹点；S106根据所述第二船舶轨迹中的轨迹点对第二船舶轨迹进行分段，生成第一轨迹段集合；S107根据第一轨迹段集合进行分段插值生成第三船舶轨迹。本发明实现了高效的船舶轨迹聚类。