本发明涉及一种应用于C3级列车运行控制的并列系控制方法及系统。控制方法包括：VC主控单元通过各自的板卡信息进行VC1/VC2系别识别，识别出VC1主控单元和VC2主控单元；所述VC1主控单元和VC2主控单元分别查询无线传输单元的空闲通道，使用独立接口分别与所述无线传输单元的空闲通道进行无线数据并列收发；所述VC1主控单元和VC2主控单元均使用无线传输单元中一系与监督RBC进行通信，启用无线传输单元另一系与接收RBC进行通信，VC1主控单元和VC2主控单元的发送端口均受RLU单元内的故障检测继电器控制。本发明通过并列系控制方法，两系VC主控单元通过独立从地面获取的线路数据，独立运算后生成控制数据，产生的控车指令均可通过RLU单元作用于车体，即同时控制列车运行，并具备故障系单系切除功能，提高了系统安全性和可用性。