本发明公开了小型化高频高阶模谐波抑制波导滤波器，属于微波元器件技术领域，包括直波导段（1），在所述直波导段（1）的中间的左右两端对称设置有两个完全尺寸耦合腔（2），在两个所述完全尺寸耦合腔（2）之间设置有数个不完全尺寸耦合腔B（5），所述不完全尺寸耦合腔B（5）的一边与完全尺寸耦合腔（2）平齐；本发明在低通滤波器的基础上，增加了波导宽边尺寸变化的耦合腔，通过耦合腔宽边尺寸变化，在满足对TE10模与TE01模吸收的情况下，有效抑制了波导系统中TE20模的传播，实现波导内高频高阶模谐波的高效抑制，从而能够以较小的尺寸（小至17mm），实现矩形波导系统高频主要模式的抑制，避免干扰或烧毁电子通讯设备。