本发明提出了一种多永磁同步电机列车牵引系统的协同控制器及控制方法，控制器包括多智能体系统和n个智能体，多智能体系统用于实现n个智能体的转速协同，设置领导者参考转速、定义局部邻域跟踪误差；每个智能体包括分布式模型预测控制器、带反馈解耦控制策略的PI控制器和SVPWM调制器；分布式模型预测控制器根据局部邻域跟踪误差寻优输出得到最优的q轴电流带反馈解耦控制策略的PI控制器得到和SVPWM调制器将和经同步旋转坐标系变化到静止坐标系得到的uα,i和uβ,i转换为逆变器需要的PWM控制信号。本发明使得牵引系统在负载突然剧烈变化情况下电机转速零超调和快速跟踪一致，从而提高多永磁同步电机列车牵引系统的协同控制性能及轮轨的寿命。