本发明公开了一种山区桥梁墩台综合选址方法及系统。所述方法包括，根据库岸调查，获取两段法预测塌岸宽度所需资料，结合两段法通过作图法得到塌岸宽度，确定墩台位置第一层次禁止设定距离D1；根据卸荷裂隙调查，通过现场测定或查表得到卸荷裂隙影响带宽度，确定墩台位置第二层次禁止设定距离D2；根据D1、D2，确定桥梁墩台位置初步禁止设定距离D；根据岸坡稳定性评价得到的边坡稳定性系数K、安全标准Fs、达到安全标准所需加固力f、最不利滑面后缘到坡脚距离D3，对D进行复核，得到可设墩有效条件；依据拟设墩台位置距离D4与D的对比，进行分级后对拟设墩台推荐最优位置和可接受位置。本发明可以对山区桥梁墩台位置进行综合评价。