本发明提供一种半导体器件自加热效应的散热测试方法及系统，双脉冲测量方式通过改变双脉冲间隔时长(冷却时长)来控制散热量，通过监测半导体器件输出电流与双脉冲间隔时长之间的相关性，在时域中观察自加热效应余热引起的电流变化，可准确表征出器件散热的真实情况；并且由于在采集电压值时，是采集脉冲信号0～100ns时间段对应的电压检测值，相当于是自加热效应刚刚开始时采集的电压检测值，自加热效应刚刚开始产生的热量对散热测试的影响很微弱，可以忽略不计，因此可克服自加热效应对散热测试过程的影响，进一步提高散热测试的准确性及精度。