本发明属于昆虫蛋白利用技术领域，具体提供了一种用于制备黑水虻油的复合酶制剂及其应用。本发明提供的这种用于制备黑水虻油的复合酶制剂，包括：木瓜蛋白酶、碱性蛋白酶、酸性蛋白酶、碱性脂肪酶、壳聚糖酶；所述木瓜蛋白酶、所述碱性蛋白酶、所述酸性蛋白酶、所述碱性脂肪酶和所述壳聚糖酶的质量比为(0.5‑3)：(3‑6)：(0.5‑1.5)：(0.1‑1)：0.5。利用酶解转化的方式制备黑水虻油，具有较大的经济效益和社会效益。采用本发明提供的复合酶制剂和方法制备的黑水虻油中脂肪酸含量丰富，中链脂肪酸含量高，具有抗菌效果，能够减少养殖过程中抗生素的使用，此外，酶解工艺处理后黑水虻油中月桂酸含量提高，为开发昆虫油脂资源在水产饲料应用方面奠定基础。