本发明公开一种孤网模式下的哈密顿阻尼协同控制方法，孤网系统包含柴油发电机组、储能电池+逆变器、电动机负荷，当发生负荷变动时，由于孤网系统不与大电网相连接，缺乏大电网的支撑，负荷的变化导致母线频率和电压发生波动，甚至停机，本发明在孤网系统的哈密顿模型基础上，提出一种阻尼修正的协同控制方法，通过增加阻尼修正矩阵的元素，达到修改孤网系统阻尼特性的目的，进而获得控制策略，通过对控制策略的仿真，验证了所提出的控制方法可以改善孤网母线频率和电压的特性，获得抑制波动的效果，对孤网的稳定提供帮助。