本发明公开了一种半潜驳船只运输作业智慧化集成管理系统，包括变形姿态测量模块、智能调载模块和监控模块；所述变形姿态测量模块用于测量船只的变形信息；所述智能调载模块用于根据船只的变形信息，通过船只运输控制决策模型制定配载方案，控制船只各个压载舱阀门和压载泵的启停，对船只进行智能调配载；所述监控模块用于在对船只进行智能调配载过程中对船只变形信息进行实时监测。本发明基于上驳、浮运、下潜三种工况制定合理的配载方案，减少了人工劳动，便于对沉管运输过程中进行动态管控；同时本发明兼顾了对半潜驳船只的安全监控，保证了运输过程中半潜驳船只结构强度和稳定性符合作业要求，有助于防止意外事故的发生。