本发明涉及一种基于卡尔曼滤波的系统谐波阻抗估计方法，属于监测和治理谐波污染技术领域。本发明的技术方案是：采集公共连接点实时电压、电流数据，进行快速FFT分解，提取各次谐波分量，分别记录幅值和相位信息；根据卡尔曼滤波原理，建立系统状态空间模型；基于谐波数据和状态空间模型，进行系统谐波阻抗实时估计；在MATLAB/Simulink中搭建仿真模型验证所提方法的合理性和有效性。本发明的有益效果是：利用非干预式方法实现系统谐波阻抗的实时估计，不额外注入扰动，通过公共连接点处采集的电压和电流数据，考虑了系统谐波阻抗的变化，建立系统的状态空间模型，估计值与真实值相比误差小、准确性高。