一种空间机械臂运动参数在轨异构管理系统及方法，包括冷备份关系的主备份关节控制器和关节控制器FPGA以及机械臂中央控制器；所述机械臂中央控制器通过外部总线与航天器中央处理单元进行通信，用于保存一份运动参数；所述运动参数为关节控制电机计算所需参数；所述主备份的关节控制器通过机械臂控制总线与所述机械臂中央控制器进行通信；主备份的关节控制器、主份关节控制器FPGA中分别用于各存储一份运动参数；主份或备份的关节控制器将运动参数从对应的关节控制器存储器中加载到对应的FPGA中进行计算；由关节控制器FPGA进行参数计算和电机控制。