本发明公开一种高氟磷石膏除氟处理充填系统及方法，通过第一皮带输送机、洗砂脱水一体机、清水泵和缓冲池的磷石膏水洗预处理系统，实现高氟磷石膏的初步脱氟，及脱氟磷石膏与废水的分离；以高位水仓、PAC储存仓和计量泵为主体的废水除氟系统，既解决了磷石膏水洗预处理后含氟废水的排放问题，又通过添加PAC实现废水中氟离子的吸附分离，从而达到废水上清液循环利用的环保目标；以水泥仓、螺旋称重机、螺旋输送机、第二皮带输送机、强力搅拌桶和充填工业泵为核心设备的磷石膏胶结充填系统，在回收解决大宗工业固废磷石膏的基础上，通过胶凝材料的固化作用及上清液中残留PAC的吸附作用，共同降低磷石膏充填体中氟元素在井下的浸出风险。