本发明公开了一种磁引导采样胶囊机器人及采样方法，涉及胶囊机器人技术领域，第一胶囊壳体和第二胶囊壳体相互扣合形成内部空腔，内部磁体位于内部空腔，第一柔磁性膜和第二柔磁性膜分别位于内部磁体的两侧，在没有外界磁场的情况下，第一柔磁性膜和第二柔磁性膜均朝向内部磁体凸起，第一胶囊壳体上设置有第一采样孔，第一胶囊壳体与第一柔磁性膜之间形成第一采样腔，第二胶囊壳体上设置有第二采样孔，第二胶囊壳体与第二柔磁性膜之间形成第二采样腔。本发明用于病变部位胃液和/或黏膜的采样，能够在外部磁场的作用下实现锚定采样，通过对称设置的第一采样腔和第二采样腔的设计能够实现单次入胃多次采样的操作。