本发明公开了一种船舶设计阶段声纳自噪声评估方法及系统，其中，该方法包括：根据船舶图纸资料构建尺度几何模型；基于统计能量基本原理建立统计能量评估模型，构建船舶结构实尺度几何仿真模型；获取损耗因子和声纳舱舾吸声系数材料参数；获取机械激励、水动力激励和螺旋桨激励；将损耗因子和声纳舱舾吸声系数材料参数输入统计能量评估模型中，并在船舶结构实尺度几何仿真模型的基座面板施加机械激励载荷、船舶壳体表面施加水动力激励、在尾轴处施加螺旋桨激励载荷，以进行船舶声纳自噪声计算，得到声纳自噪声的谱密度级总级；将谱密度级计算结果对照指标要求进行评估。该方法可实现船舶声纳自噪声定量仿真计算，形成声纳自噪声指标实现风险评价。