公开了一种地质勘探钻孔深度自动测量系统，包括安装于钻机顶部的基站，以及安装于钻机主动杆上的标签，所述基站和所述标签均具有测量向下距离的测距传感器，所述标签跟随主动杆进行放杆和提杆动作，其中主动杆做放杆和提杆动作过程中，当所述标签与所述基站距离达到一个波谷时计为完成一次提赶动作，根据所述基站和所述标签的测距传感器的距离数据计算提杆过程中每一杆的杆长数据，然后通过累加所有提杆动作的杆长得出实际孔深。本发明系统能够自动计算得到钻孔深度，不影响正常勘探过程。