本发明公开了一种集装箱港口综合能源系统两阶段优化调度方法包括：通过港口综合能源参数构建集装箱港口综合能源系统结构；考虑制冷时间和环境温度对冷藏集装箱温度的影响，利用集装箱港口综合能源系统结构建立冷链区域模型；利用冷链区域模型和冷藏集装箱船到港情况建立港口综合能源系统日前‑日内两阶段优化调度模型；采用MATLAB+CPLEX求解器对港口综合能源系统日前‑日内两阶段优化调度模型进行求解，根据求解结果输出设备出力值，实现系统经济运行；本发明将冷藏集装箱纳入港口综合能源系统优化调度，完善港口能源消费者构成，同时能够克服可再生能源出力与负荷不确定性的影响，有助于港口综合能源系统的经济稳定运行。