本发明公开了一种提高利用nic1位点选育低尼古丁烟草的分子标记及其应用，所述的应用为利用烟草尼古丁合成主效调控突变型位点nic1之后，在杂交分离后代中检测分离群体中烟草单株基因组DNA在保留nic1位点的同时通过系统选育或回交育种手段提高nic1位点所在染色体区域回复为轮回亲遗传背景的选择效率，从而改良非轮回亲本所具有的不良农艺性状，提高后代烟株遗传背景选择效率，加速突变型nic1位点在选育低尼古丁烟草品种中的应用。本发明所述的分子标记可以作为烟草品质育种中利用突变型nic1位点的同时，提高低尼古丁烟草株系遗传背景回复选择效率的分子标记辅助的应用。