本发明涉及一种微型载人飞行器软件安全系统，属于微型载人飞行器飞控技术领域；包括硬件接口驱动模块、数据解析模块、应用层数据处理模块、应用层安全模块和备用接口模块；第一层是硬件安全开发，通过检测各种异常与错误中断，硬件安全系统不能完成正常工作时；第二层是驱动层安全开发，通过对所有外设及自身进行周期性自检，当有某个通信通道出现错误时，通过替换到备用通道的方法保障软件处于安全状态；第三层是应用层安全开发，主要是通过软件的逻辑控制，当主控模块控制指令出现异常时，切换到备用安全控制模块进行紧急安全控制；本发明通过对系统架构、功能的设计，保证载人飞行器在任何情况下都处于可控状态，达到安全可靠的目的。