本发明公开了一种以贻贝加工副产物回收蛋白质生产的贻贝风味基料及应用，所述方法包括以下步骤：将新鲜贻贝清洗表面后称重，与水煮至沸腾后取出完整贝肉、贻贝蒸煮液及脱落的碎贝肉；对贻贝蒸煮液进行渐进冷冻浓缩，获得贻贝浓缩液及洁净层冰；贻贝浓缩液采用旋转蒸发处理得到小分子蛋白质浓缩液；洁净层冰融化后用纳滤膜处理得到大分子蛋白质浓缩液；取两部分浓缩液，调节pH，添加胰酶进行酶解；取分离出的水相加入复合还原糖，调节温度后进行美拉德反应，制得美拉德反应液；将美拉德反应液转移至真空冷冻干燥机中，冷冻干燥得到贻贝风味基料。本发明以贻贝加工副产物中回收蛋白质制得的贻贝风味基料具有浓郁的贻贝风味，可操作性强。