本发明公开了一种铁座套管式市域铁路扣件系统及其安装方法，扣件系统包括底部预设于混泥土轨枕内的预埋铁座和固定设于混泥土轨枕内的预埋套管，在所述预埋铁座上设有弹条安装座、套管定位孔和平台，在预埋铁座的平台上设置预设调高垫板，在预设调高垫板上设置轨下垫板，在轨下垫板上设置钢轨，在钢轨和预埋铁座之间设有绝缘轨距块，弹条尾部安放于预埋铁座的弹条安装座上，弹条两肢扣压在绝缘轨距块上，弹条通过螺旋道钉固定，螺旋道钉贯穿预埋铁座并与预埋套管螺纹联接。本发明的扣件系统结构简单、安装维护方便，加工成本低，同时扣件系统有良好的绝缘性、减振性和抗横向载荷能力。