本发明公开了一种电子显微镜及其工作方法，所述工作方法包括以下步骤：在待测芯片上设置目标区域和聚针区域，其中，目标区域和聚针区域邻近；获取针体的针尖部与聚针区域的距离，并作为下针距离；在目标区域上设置下针区域，将针体移动到下针区域上，并按照下针距离移动针体，使针尖部接触下针区域的表面；多次移动针座的位置，且每次移动针座后，获取针体的多个点针图像；对比多个点针图像，获取针体的针体摆动幅度；以及设置摆动幅度阈值，当针体摆动幅度小于或等于摆动幅度阈值，通过针体对目标区域进行电性量测。本发明提供了一种电子显微镜及其工作方法，能不损伤芯片并提升芯片电性量测的准确性。