本发明提供了一种并联变流器集群的抑制零序环流PWM调制方法及系统，所述系统包括：参考矢量扇区选择模块，用于计算参考电压在空间矢量平面所在的扇区，确定选择合成参考电压的奇/偶非零矢量；奇/偶非零矢量及零电压矢量占空比计算模块，用于计算奇/偶非零矢量v1～v6和零电压矢量对应的占空比，所述零电压矢量包括：v0，v7；三相占空比计算模块，用于按照预设计算规则计算三相占空比；零序电压修正模块，用于依据零序电流方向修正零序电压，实现对零序环流的抑制。本发明无需引入零序控制器，简化了控制系统的结构和参数整定过程，可有效消除并联变流器间的零序环流。