本发明涉及基因分子育种领域，具体涉及基于多聚单核苷酸多态性的猪50K液相芯片及其应用。本发明芯片的探针设计考虑了捕获的SNP位点在全基因组的分布情况、位点多态性、mSNP标记质量等问题，有效避免了标记密度不均匀和多态性较差等问题。还考虑了mSNP标记质量及mSNP标记间连锁不平衡问题，在保持液相芯片设计基本原则下，挑选标记间连锁不平衡程度中等的基因组区域，产生更多分型质量高、在探针区域内与靶位点连锁不平衡中等的SNP标记。本发明的mSNP液相芯片使可检测的SNP数目扩大到靶位点数的1.5‑2倍以上，解决了传统液相芯片高质量mSNP标记较少的问题，且成本没有增加。