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公开(公告)号：CN116445584B
公开(公告)日：2023-09-08
申请号：CN202310707878.8
申请日：2023-06-15
申请人： 中国农业大学
IPC分类号： C12Q1/6809 , C12N15/11 , C12Q1/6888 , C12Q1/6874 , G16B20/20 , G16B30/10 , C40B40/06
摘要： 本发明涉及基因分子育种领域，具体涉及基于多聚单核苷酸多态性的猪10K液相芯片及其应用。本发明在保持液相芯片设计基本原则下，对已有芯片增加新标记，并利用多聚单核苷酸多态性技术对探针进行优化，产生更多分型质量高、在探针区域内与靶位点SNP连锁不平衡中等的SNP标记，提高芯片的有效标记数量。本发明的mSNP液相芯片使可检测的SNP数目增加到靶位点SNP标记数的1.5‑2倍，解决了已有芯片仅含靶位点SNP，无法提供mSNP标记的问题，且成本没有增加。通过基因型填充技术，将本发明的芯片基因型数据填充至主流的50K芯片，用于基因组选择，获得与50K芯片相同或相近的分子选种准确性，降低了猪分子育种成本。
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公开(公告)号：CN116287168B
公开(公告)日：2023-09-05
申请号：CN202310552851.6
申请日：2023-05-17
申请人： 中国农业大学
IPC分类号： C12Q1/6874 , C12Q1/6811 , C12Q1/6888 , C40B40/06
摘要： 本发明涉及基因分子育种领域，具体涉及基于多聚单核苷酸多态性的猪50K液相芯片及其应用。本发明芯片的探针设计考虑了捕获的SNP位点在全基因组的分布情况、位点多态性、mSNP标记质量等问题，有效避免了标记密度不均匀和多态性较差等问题。还考虑了mSNP标记质量及mSNP标记间连锁不平衡问题，在保持液相芯片设计基本原则下，挑选标记间连锁不平衡程度中等的基因组区域，产生更多分型质量高、在探针区域内与靶位点连锁不平衡中等的SNP标记。本发明的mSNP液相芯片使可检测的SNP数目扩大到靶位点数的1.5‑2倍以上，解决了传统液相芯片高质量mSNP标记较少的问题，且成本没有增加。
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公开(公告)号：CN116445584A
公开(公告)日：2023-07-18
申请号：CN202310707878.8
申请日：2023-06-15
申请人： 中国农业大学
IPC分类号： C12Q1/6809 , C12N15/11 , C12Q1/6888 , C12Q1/6874 , G16B20/20 , G16B30/10 , C40B40/06
摘要： 本发明涉及基因分子育种领域，具体涉及基于多聚单核苷酸多态性的猪10K液相芯片及其应用。本发明在保持液相芯片设计基本原则下，对已有芯片增加新标记，并利用多聚单核苷酸多态性技术对探针进行优化，产生更多分型质量高、在探针区域内与靶位点SNP连锁不平衡中等的SNP标记，提高芯片的有效标记数量。本发明的mSNP液相芯片使可检测的SNP数目增加到靶位点SNP标记数的1.5‑2倍，解决了已有芯片仅含靶位点SNP，无法提供mSNP标记的问题，且成本没有增加。通过基因型填充技术，将本发明的芯片基因型数据填充至主流的50K芯片，用于基因组选择，获得与50K芯片相同或相近的分子选种准确性，降低了猪分子育种成本。
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公开(公告)号：CN116287168A
公开(公告)日：2023-06-23
申请号：CN202310552851.6
申请日：2023-05-17
申请人： 中国农业大学
IPC分类号： C12Q1/6874 , C12Q1/6811 , C12Q1/6888 , C40B40/06
摘要： 本发明涉及基因分子育种领域，具体涉及基于多聚单核苷酸多态性的猪50K液相芯片及其应用。本发明芯片的探针设计考虑了捕获的SNP位点在全基因组的分布情况、位点多态性、mSNP标记质量等问题，有效避免了标记密度不均匀和多态性较差等问题。还考虑了mSNP标记质量及mSNP标记间连锁不平衡问题，在保持液相芯片设计基本原则下，挑选标记间连锁不平衡程度中等的基因组区域，产生更多分型质量高、在探针区域内与靶位点连锁不平衡中等的SNP标记。本发明的mSNP液相芯片使可检测的SNP数目扩大到靶位点数的1.5‑2倍以上，解决了传统液相芯片高质量mSNP标记较少的问题，且成本没有增加。
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