本发明公开了一种双机器人自动测量打磨系统中的坐标转换方法及系统，包括：测量机器人用结构光扫描仪扫描至少三个不共线的靶标特征点，确定靶标坐标系与结构光扫描仪的测量坐标系的转换关系；打磨机器人末端加装探针，以探针触碰所述至少三个不共线的靶标特征点，确定靶标坐标系与打磨机器人基座标系之间的转换关系；基于四点标定得到打磨头工具坐标系与打磨机器人末端坐标系之间的转换关系；得到打磨机器人末端坐标系到打磨机器人基座标系之间的转换矩阵，通过矩阵传递得到面结构光扫描仪测量坐标系与打磨头工具坐标系之间的转换关系。直接通过靶标坐标系建立扫描仪测量坐标系和打磨机器人基座标之间的转换关系，提高了标定精度，简化了标定操作。