本发明提供了一种机载健康管理计算机运行方案设计方法，包括：根据用户需求确定每个待加载映像模块在空中监视模式下和地面维护模式下运行的待加载映像种类和数量；依照不同模块各映像的设计保证等级设计软件运行流程，上电后执行第一阶段引导软件FSBL，对硬件进行初始化和最小系统初始化，根据模式选择开关引导不同软件的映像：当模式选择开关无效时处于空中监视模式，则直接进行引导功能；当模式选择开关有效时处于地面维护模式，则执行第二阶段引导软件IAP，根据上位机的维护命令执行相应的引导或加载功能。本发明可实现不同模式下系统的引导和维护，提高数据安全性和可维护性，以及提高机载计算机软件运行架构的复用率和可扩展性。